Materials Studioを利用して実験系研究者が経験ゼロから計算科学する （基本操作編）
管理人のpimatechです。このシリーズではMaterials Studioを使用したDFT計算、固体量子計算について、細かいことは置いておいてまずは動かしてみる！を叶えられるような解説をしていく予定です。計算モジュールとしては、Dmol3, CASTEPの解説を検討してます。
今回は基本操作編です。
基本操作
3D viewer selectionモード（画面上部toolbar内のマウスのアイコン）でほとんどの操作は事足ります。下表に操作をまとめました。
| コマンド | 操作内容 |
|---|---|
| 左クリック | 原子選択 |
| 左ドラッグ | 範囲選択 |
| 右クリック | 簡易オプション表示 |
| 右ドラッグ | 回転 |
| ホイール | 拡大縮小 |
| shift + 左ドラッグ | 選択中の部位に加えて選択（再選択部は除外される） |
| ctrl + 左ドラッグ | 選択中の部位に加えて選択（再選択部は除外しない） |
| ctrl + 右ドラッグ | 選択中の部位を回転 |
| shift + ホイールドラッグ | 選択中原子を平行移動 |
| ctrl + z | undo |
| ctrl + y | redo |
| ctrl + c | 選択領域コピー |
| ctrl + v | コピーした領域を張り付け |
続いて、原子・分子を作製・追加する際は、ツールバーの鉛筆マークのアイコンで3種類のモードを使い分けます。
| モード | できること |
|---|---|
| Sketch atom | 隣の▼から追加したい原子種を指定。何もないところで左クリックすると指定した原子が追加。既にある原子上で左クリックするとそこから指定原子が生えてきます。 |
| Sketch ring | 4,5,6員環を追加する |
| Sketch fragment | 登録してあるフラグメントを選んで追加できる（いっぱいあって便利、自分の作った構造の追加も可能だと思う） |
はい、以上になります。これらの操作さえ押さえておけば初期構造の作製まで問題なく行えると思います！お疲れさまでした。
Materials Studioを利用して実験系研究者が経験ゼロから計算科学する part 1
管理人のpimatechです。このシリーズではMaterials Studioを使用したDFT計算、固体量子計算について、細かいことは置いておいてまずは動かしてみる！を叶えられるような解説をしていく予定です。計算モジュールとしては、Dmol3, CASTEPの解説を検討してます。
part 1では、計算の流れの把握と必要なソフトの準備（東工大の場合）について紹介します。
STEP 0 : 概要
まずスパコンを使用した大規模計算を行う流れを以下に記します。ざっくりと眺めてくれればOKです。
なんとなく流れは掴めたでしょうか。まぁよく分からなくても一度実際に体験すれば感覚が掴めると思いますので、ここは拘らず次に進みましょう！
STEP 1 : 必要なソフトをインストールする
- Materials Studio
Materials Studioは、BIOVIA社が提供する分子構造の可視化・編集ソフトです。（参考：https://www.3ds.com/ja/products-services/biovia/）インストール手順はなかなかに複雑なので別記事に掲載しました。
- MobaXterm
スパコンにアクセスするためのクライアントソフトです。（こちらから無料版をダウンロード）クライアントソフトはいろんなものがありますが、初心者にはMobaXtermを推します。ちなみに東工大ではMobaXtermの使用が推奨されています（X転送を行う可能性が今後あれば特に）。
- WinSCP
MobaXtermに加えて、私はスパコンとのファイル閲覧、移動用にWinSCP（ダウンロードはこちら）も多用しています。ドラッグアンドドロップでファイル移動できますし、コマンドラインの操作に慣れてない方はインストール必須です。
- Tera term
スパコンにアクセスするための公開鍵と秘密鍵の作製に使用します。https://ja.osdn.net/projects/ttssh2/
以上で必要なソフトの導入は終了です。お疲れさまでした。
part 2ではMaterials Studioを用いて簡単な分子のインプットファイルを作成する手順を紹介します。
